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【技术专栏】ncRNA研究利器:RNAscope原位杂交技术

浏览次数:3187次 发布时间:2016-06-29 【关闭】 字体:   

导 语:

RNAscope是一种新型 RNA原位杂交技术,基于其独特的探针设计与背景抑制技术,并且融合传统RNA原位杂交技术与FISH技术的优点,使单个RNA的转录变得可视化,是目前最精准的RNA检测技术。

技术介绍:

RNAscope®是一项用于检测位于完整细胞中目标RNA的定量原位杂交(in situ hybridization , ISH) 的新技术。该技术以其能放大特异性信号而非噪音信号的专利探针引物设计方法,代表了RNA原位杂交(ISH)领域一项重大进步。

RNAscope® 探针引物设计与信号放大原理

为了能够显著提高RNA原位杂交ISH的信号噪声比,RNAscope®采用了一项原理已被证实的十分类似于荧光共振能量转移(FRET)的设计原理。两个独立的引物探针 (Z形引物对) 需要随机与目标序列互补结合,以实现信号放大。因为两个独立引物相互紧挨同时相互互补结合到一个非目标序列的可能性非常之小,这种设计原理保障了对目标信号的特异性放大。

对于任意一个目标RNA序列,都有一组独特设计的20对Z形引物探针对只针对该目标序列具有互补杂交特异性,而不会结合到非目标片段上。

RNAscope®引物探针设计与信号放大系统的优势

灵敏度:每三对Z形引物对足以实现对于单一RNA分子的检测。在部分RNA段落不能被有效抵达或者RNA部分降解等情况下,20对Z形引物对的设计保障了足够强劲的RNA检测。

特异性:Z形引物对的设计屏蔽了背景噪音。单一的Z形引物探针对于非目标序列的结合不能够提供信号放大前体序列结合所需要的足够长度,以此防止了对于非特异信号的扩增,保障了特异性。

单分子量级的可视性与定量分析: 此20x20x20x的引物设计与信号放大原理让单一RNA分子能够在标准的显微镜下以一个点状信号的方式可视化呈现。

 

能够检测到降解了的RNA: 得益于其相对短小的目标结合区域(Z形引物对底端40到50个碱基的长度),此Z形引物对的设计为检测到部分降解的RNA提供了保障。

实验方案可在6.5至8小时内完成,时间长短取决于不同的RNAscope®实验方法。手工染色步骤只需要2至2.5小时的操作时间,更快速的完成检测实验。

每个点状信号代表一个目的RNA分子,可在光学显微镜或荧光显微镜下观察。通过RNAscope®SpotStudio™软件进行手工计算或自动图像分析,对单个细胞中的信号进行定量分析。

RNAscope® 技术案例视频

 

RNAscope® 技术检测长链非编码RNA(lncRNA)

在库的ncRNA产品清单:

RNAscope® 技术文献发表

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